Infezione da Sars Cov : la diagnosi di laboratorio

Buongiorno, sono Alessandra Amendola dirigente biologo presso il laboratorio di virologia dell'Istituto Nazionale per le malattie infettive Lazzaro Spallanzani. L'argomento di questa lezione sarà la diagnosi di laboratorio dell'infezione da Sars Cov 2, un virus comparso recentemente e responsabile della grave pandemia attuale, per la quale purtroppo ancora non abbiamo raggiunto il giorno dopo. Sars Cov 2 è un nuovo coronavirus, mai identificato prima nell'uomo, del quale si è cominciato a parlare solo recente alla fine dell'anno 2019 quando, il 31 dicembre, le autorità cinesi hanno segnalato all'Organizzazione Mondiale della Sanità un cluster di 27 casi di polmonite di origine sconosciuta, comparso in una metropoli della Cina centro-meridionale, la città di Wuhan. Il 7 gennaio 2020 viene isolato l'agente patogeno, e tre giorni dopo viene resa nota la sequenza, si tratta di un nuovo beta coronavirus che temporaneamente viene nominato dal WHO 2019 NCov. Il 12 febbraio 2020 la Commissione Internazionale per la Tassonomia dei virus assegna a questo virus un nuovo nome definitivo, Sars Cov 2, per la forte somiglianza con il virus della Sars. Nello stesso giorno l'OMS denomina la malattia causata dal nuovo virus con il nome Covid19, acronimo di Coronavirus Disease 2019. L’ 11 marzo 2020 l'Organizzazione Mondiale della sanità dichiara ufficialmente lo stato di pandemia, in quanto nella nuova epidemia da Sars Cov 2, ormai diffuso in tutto il mondo, sussistono le tre caratteristiche che la definiscono e cioè è causata da un nuovo organismo altamente virulento verso il quale la popolazione non presenta difese immunitarie specifiche e che può essere trasmesso direttamente da uomo a uomo. In Italia, il 21 febbraio 2020, viene segnalato il primo caso italiano e il 3 marzo 2020 tutte le regioni italiane presentano almeno un caso di infezione da nuovo coronavirus.

Ad oggi nel mondo sono stati segnalati oltre 25 milioni di casi con oltre 16 milioni di guarigioni e oltre 850 mila decessi. In Italia secondo i dati aggiornati al 31 agosto 2020, abbiamo registrato circa 270.000 casi totali, 207 mila guarigioni ed oltre 35.000 decessi. Questi sono numeri che vanno ben oltre rispetto a quelli provocati dal virus della Sars, che tra il 2002-2003 causò un’epidemia globale con 8096 casi confermati e 774 decessi. Riguardo le origini della pandemia non abbiamo ancora dati completi, in un primo momento si riteneva che l'infezione fosse partita da un mercato del pesce ed altri animali vivi, al centro della città di Wuhan, oggi è ormai chiaro che il mercato di Wuhan è stato soltanto il primo amplificatore dell'infezione che invece era iniziata molto tempo prima. È interessante notare che in Europa sono state trovate tracce di virus molto prima delle dichiarazioni ufficiali, ad esempio, in Francia in un ospedale a nord di Parigi il 27 dicembre 2019 è stato ricoverato un paziente con sintomi influenzali ed una polmonite bilaterale e successivamente è stato dimostrato che l’agente responsabile di questa infezione era proprio Sars Cov 2. Anche in Italia sono state trovate tracce del virus molto prima della dichiarazione della pandemia, infatti il Dipartimento di Ambiente e Salute dell'istituto superiore di Sanità ha evidenziato la presenza del Sars Cov 2 nelle acque di scarico raccolte a Milano e Torino il 18 dicembre 2019 e in quelle raccolte a Bologna il 29 gennaio 2020. Negli ultimi 20 anni tre sono state le epidemie scatenate da membri della famiglia coronavirus, abbiamo l'epidemia da Sars Cov nel biennio 2002-2003, l'epidemia da Mers Cov dal 2013 in poi, che ha determinato 2494 casi e 322 decessi, e l'attuale pandemia da Sars Cov 2. Se andiamo a confrontare il tasso di contagiosità e letalità delle tre epidemie possiamo vedere che Sars Cov 2 induce una malattia caratterizzata da una letalità inferiore rispetto a quella osservata da Sars e Mers mentre la contagiosità indicata con r=0 risulta molto elevata. Infatti mentre per Sars Cov 2 l'indice oscilla tra 1.4 e 3.9 casi, per Sars Cov è stato di 2.8 casi e per Mers Cov va da 0.3 a 0.8 casi. L’indice di contagiosità rappresenta il numero medio di infezioni secondarie provocate da un infetto, in una popolazione totalmente suscettibile, e in assenza di misure di contenimento. Se tale valore è 1 o maggiore di 1 l’epidemia persiste o si diffonde nella popolazione.

Quando poi vengono prese delle misure atte a contenere il diffondersi della malattia allora si parla di RT, cioè indice di trasmissione dell’infezione, in Italia è stato calcolato sui casi sintomatici e riferito al periodo 6- 9 agosto 2020 pari a 0. 75 casi. I coronavirus sono una famiglia di virus molto diffusi in natura, soprattutto tra gli uccelli e mammiferi, come cammelli, gatti e pipistrelli, in alcuni casi questi virus possono evolversi e compiere un salto di specie, cioè acquisire la capacità di passare direttamente dall'animale all'uomo infettandolo, in questo caso parliamo di zoonosi. I coronavirus umani derivano tutti da progenitori presenti nei pipistrelli e di solito sono veicolati all'uomo da un ospite intermedio che per Mers è stato il dromedario e per Sars forse lo gipeto, nel caso del Sars Cov 2 il ponte animale intermedio non è ancora stata identificato. Un'ipotesi è che si tratti del pangolino, un animale che ospita in sé vari coronavirus che presentano una sequenza  nucleotidica con Sars Cov 2 molto elevata, compresa tra l'85% e il 92%. I serpenti, inizialmente sospettati, sono stati invece poi esclusi dalle analisi genetiche, e dal confronto con le sequenze genomiche di altri coronavirus isolate da diverse specie animali è emerso, in un lavoro molto recente, che il nuovo coronavirus Sars Cov 2 è geneticamente molto simile ad un coronavirus presente nei pipistrelli. Questi sono abbondantemente e ampiamente presenti non solo in Cina, ma anche in tutta l'Asia, il Medio Oriente, l’Africa e in Europa. Il nuovo coronavirus Sars Cov 2 si sarebbe poi separato da questi progenitori parecchi anni fa nel 1969. 

Questo testo è estratto dalla video lezione del dott. Cristiano Alessandri, dal corso FAD ECM "Covid 19: aspettando il Day After"

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